আমাশয় মূলত দুই ধরনের জীবাণুর সংক্রমণে হয়ে থাকে। জীবাণুর ধরন অনুযায়ী একে প্রধানত দুই ভাগে ভাগ করা হয়:
অ্যামিবিক আমাশয়ঃ এটি এন্টামিবা হিস্টোলিটিকা (Entamoeba histolytica) নামক এক ধরনের এককোষী পরজীবীর সংক্রমণের কারণে হয়। এটি সাধারণত দূষিত পানি বা খাবারের মাধ্যমে শরীরে প্রবেশ করে।
ব্যাসিলারি আমাশয়ঃ এটি শিগেলা (Shigella) নামক ব্যাকটেরিয়ার সংক্রমণের কারণে হয়। এ কারণে একে অনেক সময় 'শিগেলোসিস'ও বলা হয়। এটিও মূলত অপরিচ্ছন্ন জীবনযাপন এবং দূষিত খাবার ও পানির মাধ্যমে ছড়ায়।